"армия" и МВД всегда должны и подчиняются одному ведомству, ибо тут нет понятия как армия "обороны" или армия "атаки". любая армия (или ещё часть (особенно если юниты 3 лвла) может как атаковать так и держать оборону, в основном независимо от её состава. так было, так есть и так будет.

В каждой группе должно быть несколько учстников - считаю что не менее 3х, т.к. во-первых - кого-то когда-то может где-то не быть и понадобится его подменить, во-вторых одному сложно справляться. В-третьх удобно собирать совет министров и решать более глобальные вопросы.
С экономикой: отдельно министры по ресурсам, на собраниях давать отчеты об изменениях запасов и т.д.
ВПК: ответственные исключительно за производство боевых единиц, нужно чтобы у нескольких лиц была исключительна эта специализация.
С военными делами: МВД - министерство внутренних дел - занимаются исключительно обороной, тактикой для обороны и грамотным обеспечением войск на нужных позициях.
Армия - не знаю назвать то как - вобщем всё что касается нападения.
МИД - опять такие несколько человек... разделения там сделать можно по расам, по вопросам экономики и войны и т.д.
Разведка может и отдельно а может как подразделение армии.
Вот пока такие мысли пришли - позже напишу подробнее...
ЗАВХОЗ - эт у нас с артами пусть будет... ну или назовем СОЮЗ Археологов во главе с кем-то...